MolWorks の Molecule Window 内でマウスを利用し、簡単に2次元分子構造を描画することが出来ます。また、内蔵の構造クリーンアップ機能による、分子構造の簡単な3次元構造最適化や、組み立てた分子の原子種や結合次数を容易に変更することも出来ます。
分子の表示形式は、 Wire および Ball & Stick を選択することができます。
以下、例としてアセトアルデヒド分子を構築します。
1. MolWorksを起動し、FileメニューからNewを選択します。
2. Molecule Windowが表示されます。
3. Molecule Window内をクリックすると炭素原子が描画され、カーソルを移動すると、描画した炭素原子から白線が表示されます。
4. 2番目の炭素を描画したい場所をクリックすると、1番目の炭素原子と2番目の炭素原子が、一重結合で結合した状態になります。さらにカーソルを移動し、3番目の炭素を描画します。C-C-C分子が描画されました。
5. 3番目の炭素からラインが表示されている状態で、2番目の炭素原子を再度クリックします。
6. 2番目と3番目の結合が二重結合になり、C-C=C分子が描画されました。
7. EditメニューのSelectメニューから、Atomを選択します。
8. 3番目の炭素をクリックします。選択した原子は、黄色の丸で表示されます。原子を選択後、EditメニューのAtom
TypeメニューからOxygenを選択すると、炭素原子から酸素原子に変更されます。
9. 
を押すと、自動的に水素原子が付加されます。
を押すと、分子構造を簡易的に最適化することが出来ます。
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