MolWorks には Gaussian/ GAMESS/ Q-Chem/ MOPAC とのインターフェースが内蔵されています。
操作手順は、まず、画面上で分子を構築し（分子構造ファイルを読み込むことも可能）、計算条件を設定します。次に、入力ファイルをディスク上に保存し、入力データを各プログラムに渡して、各プログラム計算を実行することが可能です（各プログラムは内蔵されていません）。この機能を利用することにより、半経験的分子軌道法から密度汎関数法や非経験的分子軌道法まで計算の実行および可視化を手元の
PC 上で行うことができます。
さらに CNDO/2 も内蔵しておりますので、電荷計算や 分子軌道計算 を行うこともできます。
以下、Gaussianの入力ファイルを作成し、計算結果を解析してみましょう。
1. まず初めに、計算したい分子を構築します。（詳細は、分子構造作成機能を参照して下さい）
MOメニューのInterfaceを選択します。
2. Simplified Setting frame が表示されます。Gaussianラジオボタンを選択し、Save
Input Fileボタンをクリックすると、Gaussianの基本的な入力ファイル（HF/STO-3g, Single Point Calculation）を保存することが出来ます。
3. Simplified Setting frame 中のAdvanced...ボタンをクリックすると、MO
frameが表示されます。この画面内では、各種計算条件の設定を行います。また、Local MachineにGaussianがインストールされている場合、ボタンをクリックするだけで、計算を実行することが出来ます。
4. 次に、Gaussianの計算結果の解析を行いましょう。
5. FileメニューのOpenを選択します。
6. Open frameが表示されます。Files of Type:で、Gaussian Output
File(*.out, *.log)を選択します。Gaussianの計算結果ファイルを選択し、Openボタンをクリックします。
7. 計算を行った分子構造、計算条件および計算結果（重要情報を抽出）、分子軌道エネルギー図、が表示されます。振動計算を行っている場合には、スペクトル情報が表示されます。
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